Nato nel 2003, l'Istituto Comprensivo di Comerio si estende in quella porzione di territorio a ridosso del Parco del Campo dei Fiori e affacciata sul Lago di Varese.
Costituito da due scuole secondarie di 1° grado e quattro scuole primarie, l'Istituto Comprensivo nasce con lo scopo di dare una particolare identità alle scuole dei quattro comuni che lo compongono, legata alle peculiarità del territorio.